故事聚焦于原作中最热血、最硬核的经典长篇“吉原炎上篇”。在江户经营万事屋的坂田银时（杉田智和 配音），因缘际会下结识了以扒手为生的孤儿少年晴太。晴太多年来一直渴望见一眼自己失散的母亲——地下欢乐街“吉原桃源乡”的最高统治化身日轮（井上喜久子 配音）。

然而，整个吉原都笼罩在“夜王”凤仙（银河万丈 配音）的绝对恐怖统治之下。作为宇宙最强战斗民族“夜兔族”的顶尖强者，凤仙用巨额的财富、权力以及压倒性的黑暗力量将吉原完全封锁在无法照射到太阳的巨大地底深渊中。为了实现晴太的心愿，夺回吉原沉沦已久的太阳，万事屋三人组银时、新八、神乐毅然闯入这片法外之地，并与驻守吉原的防卫力量“百华”统领月咏（甲斐田裕子 配音）结成反抗同盟。与此同时，神乐的亲哥哥、激进危险的夜兔少年神威（日野聪 配音）以及宇宙海贼春雨势力的介入，更是让这场大火在吉原地下彻底爆燃！此外，本次新剧场版还特别加入了原作中未曾在该篇章正面登场的真选组与桂小太郎等人的全新原创联动内容，使得战局更加混乱与精彩。