春秋战国著名侠士聂政，看到韩国君无道，民不聊生，在好友严仲子帮助下，刺杀韩王，却使奸臣韩傀逃命，为了不连累他人，聂政自杀身亡。严仲子冒死盗出聂政尸体厚葬，并将聂政留下一把缩骨剑及一本记载着神秘诱导基因的著作埋进蝴蝶迷谷。
　　时间移到1995年夏，武夷山生物夏令营少年科学家胭脂玉、调皮鼠在教师东方子英带领下采集生物标本时，意外发现灭绝三千年珍贵蝴蝶——金粉红蝴蝶，此蝶由神龟变化而来。胭脂玉在金粉红蝴蝶和神龟的诱导下，发现了二千年前聂政留下的书剑。同时在东方子英老师的启发和诱导下，他和伙伴顺风耳等发现了“思维黑箱”之迷，这对思维科学研究来说是一场大突破，惊动了联合国科教文组织一批科学家来华考察，引起一场悬殊大答辩。
　　在未来时空里，有一座孤岛——达拉门森岛，当年韩傀已成岛上独裁总督。为了把世上所有财富全部占为已有，他亲自研究泥土如何变为宝石实验，但都告失败了。当听说“思维黑箱”能帮他解决这问题时，他展开一系列罪恶活动，并派他女儿哈娜公主带领两名武士——白狐、猎女倒回现代时空，寻找胭脂玉，胭脂玉却在未来时空中的蝴蝶迷宫遇到聂莹，由于误了和科学家答辩时间，她的老师东方子英被子逼辞职。她男朋友多次寻找她却无结果。胭脂玉借助红蝴蝶的功力，思维能越来越聪明起来。
　　哈娜公主屡次和她进行较量，都告失败，韩傀一怒之下下令炸毁蝴蝶迷宫。为了彻底打败韩傀一伙恶势，胭脂玉和聂莹联手闯进达拉门森总督府，成了三千年一对刺客。最后，在蝴蝶和神龟帮助下，正义终于战胜了邪恶，天狼被消灭，可是东方子英老师在也不能回到地球了。
　　本剧故事情节复杂、生动、似波浪一浪高过一浪，险象环生，观众对象除青少年外，也适应于其他层次观众。